Mustat pilkut hampaissa voivat johtua monista syistä. Yleisin aiheuttaja ovat värjäävät ruoka-aineet. Esimerkiksi kahvi tai tee saattaa pinttyä hampaan pintaan. Takahampaiden purupinnan syviin kuoppiin kertyy helposti väriä. Jos hampaassa on mustaa värjäymää lähes kauttaaltaan ikenen lähellä kuin kehänä hampaan ympärillä, saattaa olla kyseessä joidenkin ihmisten normaaliin suun bakteerikantaan kuuluva bakteeri, joka näkyy plakissa mustana (kuva alla). Nämä värjäymät voidaan poistaa mekaanisesti esimerkiksi pastapuhdistuksella tai soodapuhdistuksella. Myös hampaan pinnalle kertyvä hammaskivi voi näkyä mustana kerroksena hampaan pinnalla. Hammaskivi on bakteerimassaa, joka voidaan poistaa ultraäänen avulla tai käsi-instrumenteilla.
Usein hampaan reunoissa näkyy yksittäisiä, mustia laikkuja, jotka ovat osana hampaan omaa kiillettä. Tällöin kyseessä on todennäköisesti pysähtynyt reiän alku. Alkava reikä näkyy usein hampaan ulkopinnalla valkoisena laikkuna, mutta jos reikiintyminen pysähtyy ja pinta mineralisoituu umpeen, muuttuu laikku tummaksi. Tälläiset laikut eivät irtoa puhdistamalla eikä niitä tarvitse korjata, hyvä kotihoito ja seuranta riittävät. Esteettisistä syistä laikkuja voidaan hioa poraamalla ja korjata paikka-aineella.
